2003年7月28日-12月8日放映（全17話、通算999回）
ストーリー
加賀藩の世継ぎ問題を解決するため旅に出る。
行程
江戸→安中→小諸→諏訪→妻籠→高山→高岡→金沢→輪島→鶴岡→山形→仙台→白石→二本松→三春→白河→磐城・水戸
助三郎役は原田龍二、格之進役は合田雅吏になり、堅物の性格は再び格さんになった。
第3話「おらが蕎麦は日本一」に原田龍二の弟である本宮泰風がゲスト出演している。役は小諸藩主・松平乗紀。また、モブシーンにレイザーラモンがゲスト出演している。
第8話「決戦！加賀百万石」は2時間スペシャルで放送した。
第11話「紅花咲かせた豪傑女医」にレーシングドライバーの片山右京がゲスト出演している。役は山形藩主・松平忠雅。また、この回に長谷川哲夫もゲスト出演している。役は井筒屋清兵衛。
第32部のポスターから松下電器・松下電工の表示が廃止された。
2003年12月15日放映（通算1000回）
ストーリー
江戸で旗本と町衆の喧嘩を調停した光圀は、薩摩藩の不正を究明するため旅立つ。
行程
水戸→江戸→箱根→大井川→岡崎→京→大阪→徳島→薩摩→江戸→水戸
放送通算1000回を記念して、水戸黄門史上初の3時間スペシャルで放送した。初代光圀を演じる予定だった森繁久彌が紀伊國屋文左衛門役で登場し、その他森光子、赤木春恵、山口崇など豪華ゲストが登場した。
うっかり八兵衛（高橋元太郎）、霞のお新（宮園純子）、柘植の飛猿（野村将希）、素破の次郎坊（コロッケ）が復活。風車の弥七（中谷一郎）もVTR出演。過去にレギュラーだった佐野浅夫、横内正、大和田伸也、伊吹吾郎、山口いづみも別の役で出演した。
当時の悪役ゲスト常連組の川合伸旺、内田勝正、中田浩二の3ショットも登場。なお、川合はこの1000回スペシャルが最後の出演となった。
ビデオ撮影からハイビジョン撮影になった。引き続きこれで撮影される。
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