堺の豪商（または千利休）説[要出典]
毛利輝元（あるいは小早川隆景）説[要出典]
朝廷と羽柴秀吉の共謀説[要出典]
長曾我部元親説[要出典]
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島津氏関与説[要出典] - 信長が毛利氏を滅ぼした後、九州征伐を開始するのは時間の問題である。さらに信長と通じる大友氏や龍造寺氏らの反攻を受けて苦境に立たされていた島津氏が、朝廷の公家らと共謀していたという説。根拠は乏しいのだが、島津義久の側近である上井覚兼の日記として有名な「上井覚兼日記」の記述で、本能寺の変が起こった天正10年6月2日から11月3日までの項が白紙になっている。（ただし、上井覚兼日記は他にも数年の欠落がある）
動機と首謀者に関するその他の考察
光秀がいつ頃から謀反を決意していたかは明らかではないが、亀山城出陣を前にして、愛宕権現での連歌の会で光秀が詠んだ発句、「時は今 天が下知る 五月哉」は、「時（とき）」は源氏の流れをくむ土岐氏の一族である光秀自身を示し、「天が下知る」は、「天（あめ）が下（した）治る（しる）」、すなわち天下を治めることを暗示していると解し、この時点で謀反の決意を固めていたのだとする説もある。※「時は今 雨が下なる 五月哉」と詠んだいう説もある。
フロイス「日本史」によると、信長は天正7年5月11日に安土城で自らを神とする儀式を行い、摠見寺で信長の誕生日を祝祭日と定め、参詣する者には現世利益がかなうとしたという。ただし、フロイスがこの「儀式」について初めて記したのは信長の死後であり、フロイス自身が「儀式」が行われたとされる当時に安土周辺にはいなかったこと、日本国内の一級史料ではこの「儀式」についてまったく言及されていないことなどから、谷口克広はフロイスの記述に信憑性はなく、信長が滅んだことを正当化するために記したもの[17]であるとの見解を示している[18]。
本能寺の変後の諸将の動向
明智光秀
光秀は、6月3日、4日を諸将の誘降に費やした後、6月5日(4日説がある[4]）安土城に入った。9日、上洛し朝廷工作を開始するが、秀吉の大返しの報を受けて山崎に出陣。13日の山崎の戦いに敗れ、同日深夜、小栗栖（京都市伏見区）で土民に討たれた。安土と京都で政務を執ったのが4、5日から12日であったため、三日天下と呼ばれた。
期待していた親類の細川藤孝、与力の筒井順慶ら近畿の有力大名の支持を得られなかったことが戦力不足につながり、敗因の一つであったと言える。
羽柴秀吉
秀吉は清水宗治の篭る備中高松城を包囲して毛利氏と対陣していた。
早くも6月3日には信長横死の報を受け、急遽毛利との和平を取りまとめた。6日に毛利軍が引き払ったのを見て軍を帰し、12日には摂津まで進んだ。ここで摂津の武将中川清秀・高山右近・池田恒興を味方につけ、さらに四国出兵のため堺にいた織田信孝・丹羽長秀と合流した。これらの諸軍勢を率いて京都に向かい、13日の山崎の戦い（天王山の戦い）で光秀を破った。この非常に短い期間での中国からの移動を中国大返しと呼ぶ。
織田政権内での主導権をもくろむ秀吉は、さらに清洲会議にて信忠の子・三法師（織田秀信）の後見となり、事実上の信長の後継者としての地位を確立する。
柴田勝家
勝家は佐々成政・前田利家とともに、6月3日上杉氏の越中国魚津城を3ヶ月の攻城戦の末攻略に成功。しかしその頃信長は既に亡かった。変報が届くと、上杉景勝の反撃や地侍の蜂起によって秀吉のように軍を迅速に京へ返す事ができなかった。ようやく勝家が軍を率いて江北に着いた頃、既に明智光秀は討たれていた。その後清洲会議で秀吉と対立し、賤ヶ岳の戦いで敗北、自害した。
徳川家康
家康は、信長の招きで5月に安土城を訪れた後、家臣30余名とともに堺に滞在した。6月2日朝、返礼のため長尾街道を京へ向かっていたところ、四条畷付近で京から駆けつけた茶屋四郎次郎に会い、本能寺の変を知る。家康はうろたえ、一時は京に行き知恩院で信長に殉じるとまで言ったが[19]、家臣に説得され帰国を図る。山城綴喜・近江・加太峠・伊賀の山中を通って伊勢へ抜け、伊勢湾を渡って本国三河に戻った。
これは後に「神君のご艱難」と称される家康最大の危機であった。実際、『三河物語』によると、同行しながらかなりの金品を持っていて家康従者に強奪されるのではと恐れて距離を置いていた穴山信君一行は、山城国綴喜郡の現在の木津川河畔（現在の京都府京田辺市の山城大橋近く）の渡しで、落ち武者狩りの土民に追いつかれ襲撃されて死んでいる。まさに紙一重の差で家康は逃れた。この時、家康の苦難の伊賀越えに協力したのが伊賀衆であり、その際の伊賀の棟梁、服部半蔵の功で江戸城に「半蔵門」が作られる。なお、堺で討たれたと言う伝説も存在し、堺市内の南宗寺には彼の名前が刻まれた墓が現存するが、実はこれは後の大坂の陣の際に生まれた伝説である。
三河に帰り光秀を討とうと出陣し、熱田神宮まで来たが山崎の戦いの報を聞き、引き返した。この時、先鋒酒井忠次は津島まで進軍していた。その後、家康は信長の死により空白地帯となった信濃・甲斐を占領し、武田家の最盛期を超える大大名となった。
織田信雄
信長の次男・織田信雄は、本能寺の変の後光秀を討とうと近江の土山へ進軍するが、山崎の戦いで光秀が秀吉に大敗したことにより撤退。信雄は清洲会議にて織田家の跡継ぎに推されなかった（他家に養子に出ていたこともあるが、度々失態を犯すなど暗愚であったことも大きいと思われる）。これを不服として一時家康と共に秀吉と相対するが、結局講和して秀吉の下に下った（小牧・長久手の戦い）。
滝川一益
一益は関東の上野国厩橋城にいた。本能寺の変の報を聞くとすぐさま撤退するが、小田原の北条氏直が上野国奪取を目指して進出、敵中突破を試みた一益は大敗して領国の伊勢長島城へ帰還した（神流川の戦い）。一益の敗戦により上野、信濃の織田勢力は一掃される結果となり、一益は織田家重臣の列から外され、清洲会議にも出席できなかったという。
織田信孝・丹羽長秀
信孝は長秀、信長の甥・津田信澄（父は織田信勝（信行））らとともに大坂にて四国の長宗我部元親討伐の準備を進めていた。本能寺の変の報が伝わると、すぐさま丹羽長秀は信孝の指示に従って信澄を殺害した。その後、丹羽長秀は信孝とともに京都に向かう羽柴軍に合流した。
信澄殺害は、信澄の父・信勝がかつて信長に謀反を企てて殺されている事や彼が光秀の娘婿であった事から光秀と通じていると見なされた事による。しかしながら、「父信長だけでなく兄信忠も死んだ事を知った信孝が、予想される織田氏の家督争いの有力者の一人になる可能性のある信澄を言いがかりをつけて殺害した」とする見方もある。
長宗我部元親
長宗我部元親は信長の四国征伐の影響もあり、兵を白地城に休ませていた。だが、信長横死を知るや出兵し、中富川の戦いに勝利し、阿波・讃岐を完全に勢力下に入れた。
フィクションにおける本能寺の変
NHKの大河ドラマで信長・秀吉およびその周辺人物を題材にした作品では、光秀が謀反に至る経緯がストーリーの大きな軸のひとつとなっている。近年の作品では光秀は従来の「謀反人」のイメージで描かれることは殆ど無く、むしろ光秀に同情的である。
『信長 KING OF ZIPANGU』（1992年） - 当時話題になっていた過労死の問題と光秀の苦悩が重ね合わされ、信長を討ったあと光秀は「これで、眠れる」とつぶやく。
『秀吉』（1996年） - 家康と利休の謀略と、怨恨説が混在して描かれる。信長を討った後、光秀は利休に茶を所望し、「初めて茶の味を知りました。」と語って利休にこれまでの苦労を労われる。
『功名が辻』（2006年） - 怨恨説、三職推任問題などに触れながら、光秀の従兄妹で信長の正妻・濃姫との関係にスポットを当てている。
2007年1月3日にフジテレビ系列で放送されたドラマ『明智光秀〜神に愛されなかった男〜』では、信長とは違い民衆と仲良く平和に天下を統一したいと考える秀吉、光秀両人の意思が疎通し合い、光秀が謀叛することを秀吉は察知しており、光秀も自ら秀吉に自分を討たせ、秀吉に天下を取らせたという設定で、秀吉・光秀共謀説のように描かれた。また、信長が朝廷を滅ぼす意思を光秀に語った件から光秀の様子がおかしくなっており、朝廷を守護する為に信長を討ったというテイストも見え隠れする。
漫画『へうげもの』では、千宗易（後の利休）が秀吉を煽動し、二人が光秀を謀叛に追い込んで信長を抹殺した、という説をとっている（表面上はすべて史実通りの展開）。作中、光秀はツメが甘く信長を殺せないのでは、と危惧した秀吉が自ら本能寺に潜入して信長を斬殺する、という珍しいシーンがある。
漫画『夢幻の如く』では、イスパニアの宣教師カブラルや朝廷の貴族に光秀が扇動され、更に一族が信長の為に大勢殺された事を恨んだ光秀が謀叛を起こした事になっている。一方、秀吉は光秀の叛意に気付いていたものの本当に謀叛を起こすとは思ってもいなかった為、本能寺の変の知らせに仰天している。ただし、この作品では信長は蘭丸と共に（超常現象に巻き込まれた形だが）本能寺を脱出して生き延びており、謀叛は失敗に終わっている。